L'offre d’enseignement supérieur au Conservatoire s'est étoffée en 2018 avec la labellisation par le Ministère de la Culture de Classes Préparatoires à l'Enseignement Supérieur (CPES)* de la Musique.

Aujourd'hui, sont proposés aux étudiants 3 parcours :
- Les CPES* Danse dans trois disciplines (classique, contemporaine, jazz)
- Les CPES* Musique dans de multiples disciplines
- La Classe Préparatoire aux Grandes Écoles, Physique, Technologie, Sciences de L'Ingénieur option Métiers du Son en partenariat avec le Lycée Nicéphore Niepce de Chalon sur Saône.

Le Conservatoire du Grand Chalon est aussi membre de l'Ecole Supérieure de Musique (ESM) Bourgogne-Franche-Comté.